Sans compter les problèmes politiques: Hitler a encore besoin de Pétain, et l'alliance de celui-ci n'est plus assurée suite à l'invasion de l'AFN et de la Zone Libre. Emprisonner sans raisons des marins Français serait contre productif car risquant de braquer Pétain et/ou les Français. De plus, ce serait inutile: il faudrait les déporter en Allemagne et les faire garder. Hitler a suffisamment d'otages pour faire pression sur Vichy avec les prisonniers de la Campagne de France.
Je pense également que Hitler voulait récupérer la Flotte, ou tout au moins une partie de celle-ci. Je crois d'ailleurs me souvenir qu'il fait main basse sur les navires présents à Marseille (des navires civils, principalement). Les difficultés d'acheminement des marins de la Kriegsmarine, le risque de voir la Flotte appareiller pour rejoindre les Alliés, un manque de coordination entre les différentes armes expliquent probablement cet échec.